IMGT, das internationale ImMunoGeneTics-Informationssystem®, wurde 1989 ins Leben gerufen, um die Gene und Allele zu charakterisieren, die an der Synthese von Immunglobulinen (IG oder Antikörpern) und T-Zell-Rezeptoren (TR) bei Wirbeltieren beteiligt sind. IMGT® ist eine integrierte Ressource für die Sequenzen, Gene und Strukturen von IG, TR und Proteinen des Haupthistokompatibilitätskomplexes (MH), die an adaptiven Immunantworten beteiligt sind, sowie für weitere Proteine aus der Immunglobulin-Superfamilie (IgSF) und der MH-Superfamilie (MhSF) bei Wirbeltieren und Wirbellosen. IMGT® umfasst 7 Datenbanken, 17 Online-Tools und über 20.000 Webseiten mit Ressourcen.
In diesem Zusammenhang ist das Praktikum Teil der laufenden Entwicklungsaktivitäten von IMGT und umfasst die Entwicklung eines interaktiven Tools zur Visualisierung von Nukleotidsequenzen, das die Untersuchung, Annotation und das Verständnis immunogenetischer Daten erleichtern soll.
Die Hauptaufgabe des Studierenden besteht darin, ein JavaScript-Tool (das im Webbrowser der ursprünglichen Benutzeroberfläche ausgeführt wird) zur Visualisierung von Nukleotidsequenzen (mit ihren Übersetzungen) und der darin enthaltenen Nukleotidelemente zu entwickeln, basierend auf einer JSON-Datei, die diese Elemente enthält.
Das Tool sollte dynamisch sein und es dem Benutzer ermöglichen, die verschiedenen Daten der Entitäten zu ändern, diese Änderungen in der JSON-Datei zu speichern und Anmerkungen hinzuzufügen.
Je nach den Fähigkeiten und Interessen der Studierenden können zusätzliche visuelle oder technische Komponenten verlangt werden, wobei JavaScript als Hauptprogrammiersprache und eine JSON-Datei als Ein- und Ausgabeformat verwendet werden.
Wir suchen einen motivierten Bachelor-Studierenden (3. Studienjahr) oder Master-Studierenden (1. Studienjahr) der Fachrichtungen Informatik oder Bioinformatik, der sich für JavaScript-Entwicklung und Visualisierungstools mit Schwerpunkt auf Molekularbiologie interessiert.
Folgende Fähigkeiten werden besonders geschätzt:
Fundierte Kenntnisse in JavaScript, mit oder ohne Frameworks
Allgemeine Kenntnisse in Molekularbiologie
Allgemeine Kenntnisse des JSON-Dateiformats und von Webschnittstellen
Bewährte Programmierpraktiken (Dokumentation, Kommentierung, Git-Versionskontrolle)
Vertrautheit mit Unix- und Windows-Umgebungen