Entwicklung eines Tools zur Visualisierung von Nukleotidsequenzen in JavaScript

Entwicklung eines Tools zur Visualisierung von Nukleotidsequenzen in JavaScript

Lieferstelle und -einheit

IMGT®, das internationale ImMunoGeneTics Information System®, Institut für Humangenetik (IGH), Universität Montpellier, Nationales Zentrum für wissenschaftliche Forschung (CNRS), UMR 9002, Montpellier, Frankreich

Beschreibung des Praktikums

IMGT, das internationale ImMunoGeneTics-Informationssystem®, wurde 1989 ins Leben gerufen, um die Gene und Allele zu charakterisieren, die an der Synthese von Immunglobulinen (IG oder Antikörpern) und T-Zell-Rezeptoren (TR) bei Wirbeltieren beteiligt sind. IMGT® ist eine integrierte Ressource für die Sequenzen, Gene und Strukturen von IG, TR und Proteinen des Haupthistokompatibilitätskomplexes (MH), die an adaptiven Immunantworten beteiligt sind, sowie für weitere Proteine aus der Immunglobulin-Superfamilie (IgSF) und der MH-Superfamilie (MhSF) bei Wirbeltieren und Wirbellosen. IMGT® umfasst 7 Datenbanken, 17 Online-Tools und über 20.000 Webseiten mit Ressourcen.

In diesem Zusammenhang ist das Praktikum Teil der laufenden Entwicklungsaktivitäten von IMGT und umfasst die Entwicklung eines interaktiven Tools zur Visualisierung von Nukleotidsequenzen, das die Untersuchung, Annotation und das Verständnis immunogenetischer Daten erleichtern soll.

Die Hauptaufgabe des Studierenden besteht darin, ein JavaScript-Tool (das im Webbrowser der ursprünglichen Benutzeroberfläche ausgeführt wird) zur Visualisierung von Nukleotidsequenzen (mit ihren Übersetzungen) und der darin enthaltenen Nukleotidelemente zu entwickeln, basierend auf einer JSON-Datei, die diese Elemente enthält.

Das Tool sollte dynamisch sein und es dem Benutzer ermöglichen, die verschiedenen Daten der Entitäten zu ändern, diese Änderungen in der JSON-Datei zu speichern und Anmerkungen hinzuzufügen.

Je nach den Fähigkeiten und Interessen der Studierenden können zusätzliche visuelle oder technische Komponenten verlangt werden, wobei JavaScript als Hauptprogrammiersprache und eine JSON-Datei als Ein- und Ausgabeformat verwendet werden.

Fachbereich des Praktikums

Fachbereiche

Voraussetzung

Erforderliches Bildungsniveau

Weitere Voraussetzungen

Wir suchen einen motivierten Bachelor-Studierenden (3. Studienjahr) oder Master-Studierenden (1. Studienjahr) der Fachrichtungen Informatik oder Bioinformatik, der sich für JavaScript-Entwicklung und Visualisierungstools mit Schwerpunkt auf Molekularbiologie interessiert.

Folgende Fähigkeiten werden besonders geschätzt:
Fundierte Kenntnisse in JavaScript, mit oder ohne Frameworks
Allgemeine Kenntnisse in Molekularbiologie
Allgemeine Kenntnisse des JSON-Dateiformats und von Webschnittstellen
Bewährte Programmierpraktiken (Dokumentation, Kommentierung, Git-Versionskontrolle)
Vertrautheit mit Unix- und Windows-Umgebungen

Dauer des Praktikums

Mindestens 2 Monate und höchstens 6 Monate

Bewerbungsfrist

ope

Wird das Praktikum vergütet?

ja

Gibt es Unterstützung bei der Wohnungssuche?

nein

Weitere relevante Informationen

Interessiert?
Um sich zu bewerben, wenden Sie sich bitte an den Verantwortlichen für das Praktikum:

Guilhem Zeitoun