Creació d'una eina de visualització de seqüències de nucleòtids en JavaScript

Creació d'una eina de visualització de seqüències de nucleòtids en JavaScript

Institució i unitat de lliurament

IMGT®, el sistema internacional d'informació ImMunoGeneTics®, Institut de Genètica Humana (IGH), Universitat de Montpeller, Centre Nacional de Recerca Científica (CNRS), UMR 9002, Montpeller, França

Descripció de les pràctiques

L'IMGT, el sistema d'informació internacional ImMunoGeneTics®, es va establir el 1989 per caracteritzar els gens i al·lels implicats en la síntesi d'immunoglobulines (IG o anticossos) i receptors de cèl·lules T (TR) en vertebrats. L'IMGT® és un recurs integrat per a les seqüències, els gens i les estructures de les proteïnes IG, TR i d'histocompatibilitat major (MH) implicades en les respostes immunitàries adaptatives, així com altres proteïnes de la superfamília de les immunoglobulines (IgSF) i la superfamília MH (MhSF) en vertebrats i invertebrats. L'IMGT® inclou 7 bases de dades, 17 eines en línia i més de 20.000 pàgines web de recursos.

En aquest context, les pràctiques formen part de les activitats de desenvolupament continu d'IMGT i implicaran el disseny d'una eina interactiva de visualització de seqüències de nucleòtids per facilitar l'exploració, l'anotació i la comprensió de dades immunogenètiques.

La tasca principal de l'estudiant serà crear una eina JavaScript (que s'executi al navegador web de la interfície original) per visualitzar seqüències de nucleòtids (amb les seves traduccions) i els elements nucleotídics que contenen, basant-se en un fitxer JSON que contingui aquestes entitats.

L'eina ha de ser dinàmica, permetent a l'usuari modificar les diferents dades de les entitats, desar aquestes modificacions al fitxer JSON i afegir anotacions.

Es poden sol·licitar components visuals o tècnics addicionals en funció de les habilitats i interessos de l'estudiant, amb JavaScript com a llenguatge de programació principal i un fitxer JSON com a format d'entrada-sortida.

Camp d'estudi de les pràctiques

Disciplines

requisit previ

Nivell d'estudi requerit

Altres requisits previs

Busquem un estudiant de grau (L3) o màster (M1) motivat en Ciències de la Computació o Bioinformàtica, interessat en el desenvolupament de JavaScript i eines de visualització adaptades per a la biologia molecular.

Es valoraran especialment les habilitats següents:
Domini de JavaScript, amb o sense frameworks
Coneixements generals de biologia molecular
Coneixements generals del format de fitxer JSON i de les interfícies web
Bones pràctiques de programació (documentació, comentaris, control de versions de Git)
Familiaritat amb entorns Unix i Windows

Període de les pràctiques

Mínim 2 mesos i màxim 6 mesos

Data límit de sol·licitud

obertura

Les pràctiques són remunerades?

sí

Hi ha suport per a l'allotjament?

no

Altra informació rellevant

T'interessa?
Per sol·licitar-ho, poseu-vos en contacte amb el responsable de les pràctiques:

Guilhem Zeitoun