IMGT, det internasjonale ImMunoGeneTics informasjonssystemet®, ble etablert i 1989 for å karakterisere genene og allelene som er involvert i syntesen av immunglobuliner (IG, eller antistoffer) og T-cellereseptorer (TR) hos virveldyr. IMGT® er en integrert ressurs for sekvenser, gener og strukturer av IG, TR og viktige histokompatibilitetsproteiner (MH) involvert i adaptive immunresponser, samt andre proteiner fra immunglobulin-superfamilien (IgSF) og MH-superfamilien (MhSF) hos virveldyr og virvelløse dyr. IMGT® inkluderer 7 databaser, 17 nettbaserte verktøy og over 20 000 nettsider med ressurser.
I denne sammenhengen er praksisplassen en del av IMGTs pågående utviklingsaktiviteter, og vil innebære å designe et interaktivt verktøy for visualisering av nukleotidsekvenser for å legge til rette for utforskning, annotering og forståelse av immunogenetiske data.
Studentens hovedoppgave vil være å lage et JavaScript-verktøy (som kjører i nettleseren i det originale grensesnittet) for å visualisere nukleotidsekvenser (med oversettelsene deres) og nukleotidelementene de inneholder, basert på en JSON-fil som inneholder disse enhetene.
Verktøyet bør være dynamisk, slik at brukeren kan endre de forskjellige dataene for enhetene, lagre disse endringene tilbake til JSON-filen og legge til merknader.
Ytterligere visuelle eller tekniske komponenter kan bli forespurt avhengig av studentens ferdigheter og interesser, med JavaScript som hovedprogrammeringsspråk og en JSON-fil som input-output-format.
Vi ser etter en motivert student på bachelor- (L3) eller master- (M1) nivå i informatikk eller bioinformatikk, interessert i JavaScript-utvikling og visualiseringsverktøy skreddersydd for molekylærbiologi.
Følgende ferdigheter vil bli spesielt verdsatt:
Ferdighet i JavaScript, med eller uten rammeverk
Generell kunnskap om molekylærbiologi
Generell kunnskap om JSON-filformatet og webgrensesnitt
God programmeringspraksis (dokumentasjon, kommentering, Git-versjonskontroll)
Kjennskap til Unix- og Windows-miljøer