IMGT, el sistema internacional de información sobre inmunogenética (ImMunoGeneTics®), se creó en 1989 con el objetivo de caracterizar los genes y alelos implicados en la síntesis de inmunoglobulinas (IG, o anticuerpos) y receptores de células T (TR) en vertebrados. IMGT® es un recurso integrado que recoge las secuencias, los genes y las estructuras de las IG, los TR y las proteínas del sistema mayor de histocompatibilidad (MH) implicadas en las respuestas inmunitarias adaptativas, así como otras proteínas de la superfamilia de las inmunoglobulinas (IgSF) y de la superfamilia MH (MhSF) en vertebrados e invertebrados. IMGT® incluye 7 bases de datos, 17 herramientas en línea y más de 20 000 páginas web de recursos.
En este contexto, las prácticas forman parte de las actividades de desarrollo en curso del IMGT y consistirán en el diseño de una herramienta interactiva de visualización de secuencias de nucleótidos para facilitar la exploración, la anotación y la comprensión de los datos inmunogenéticos.
La tarea principal del estudiante consistirá en crear una herramienta en JavaScript (que se ejecute en el navegador web de la interfaz original) para visualizar secuencias de nucleótidos (junto con sus traducciones) y los elementos nucleotídicos que contienen, a partir de un archivo JSON que incluya estas entidades.
La herramienta debe ser dinámica y permitir al usuario modificar los distintos datos de las entidades, guardar dichos cambios en el archivo JSON y añadir anotaciones.
Se pueden solicitar componentes visuales o técnicos adicionales en función de las habilidades e intereses del alumno, siendo JavaScript el lenguaje de programación principal y un archivo JSON el formato de entrada y salida.
Buscamos un estudiante universitario motivado de tercer curso (L3) o de primer curso de máster (M1) en Informática o Bioinformática, interesado en el desarrollo con JavaScript y en herramientas de visualización específicas para la biología molecular.
Se valorarán especialmente las siguientes habilidades:
Dominio de JavaScript, con o sin marcos de trabajo
Conocimientos generales de biología molecular
Conocimientos generales del formato de archivo JSON y de las interfaces web
Buenas prácticas de programación (documentación, comentarios, control de versiones con Git)
Familiaridad con los entornos Unix y Windows