Nukleotidszekvencia-megjelenítő eszköz készítése JavaScriptben

Nukleotidszekvencia-megjelenítő eszköz készítése JavaScriptben

Kiszállító intézmény és egység

IMGT®, az ImMunoGeneTics Information System® nemzetközi rendszer, Emberi Genetikai Intézet (IGH), Montpellier-i Egyetem, Nemzeti Tudományos Kutatási Központ (CNRS), UMR 9002, Montpellier, Franciaország

A szakmai gyakorlat leírása

Az IMGT, azaz a nemzetközi ImMunoGeneTics információs rendszer® 1989-ben jött létre azzal a céllal, hogy jellemezze a gerinceseknél az immunglobulinok (IG, vagy antitestek) és a T-sejt-receptorok (TR) szintézisében részt vevő géneket és allélokat. Az IMGT® egy integrált adatbázis, amely az adaptív immunválaszokban részt vevő IG-, TR- és fő hisztokompatibilitási (MH) fehérjék szekvenciáit, géneit és szerkezetét, valamint a gerincesek és gerinctelenek immunoglobulin-szupercsaládjába (IgSF) és MH-szupercsaládjába (MhSF) tartozó egyéb fehérjéket tartalmazza. Az IMGT® 7 adatbázist, 17 online eszközt és több mint 20 000 weboldalt tartalmaz.

Ebben az összefüggésben a szakmai gyakorlat az IMGT folyamatos fejlesztési tevékenységeinek része, és egy interaktív nukleotidszekvencia-megjelenítő eszköz tervezését fogja magában foglalni, amelynek célja az immungenetikai adatok feltárásának, annotálásának és megértésének megkönnyítése.

A hallgató fő feladata egy JavaScript-eszköz létrehozása lesz (amely az eredeti felület böngészőjében fut), amelynek segítségével a nukleotidszekvenciák (azok fordításaival együtt) és az azokban szereplő nukleotidelemek megjeleníthetők egy, ezeket az elemeket tartalmazó JSON-fájl alapján.

Az eszköznek dinamikusnak kell lennie, lehetővé téve a felhasználó számára, hogy módosítsa az entitások különböző adatait, ezeket a módosításokat visszamentse a JSON-fájlba, valamint megjegyzéseket fűzzön hozzájuk.

A hallgató készségeitől és érdeklődési körétől függően további vizuális vagy technikai elemek megalkotását is kérhetjük, a JavaScript-et fő programozási nyelvként, a JSON-fájlt pedig bemeneti-kimeneti formátumként használva.

A szakmai gyakorlat szakterülete

Tudományágak

előfeltétel

Elvárt tanulmányi szint

Egyéb előfeltételek

Olyan motivált informatikai vagy bioinformatikai alapszakos (L3) vagy mesterképzéses (M1) hallgatót keresünk, aki érdeklődik a JavaScript-fejlesztés és a molekuláris biológiára szabott vizualizációs eszközök iránt.

A következő készségeket különösen nagyra értékeljük:
JavaScript-ismeret, keretrendszerek használatával vagy anélkül
Általános molekuláris biológiai ismeretek
Általános ismeretek a JSON fájlformátumról és a webes felületekről
Helyes programozási gyakorlatok (dokumentálás, megjegyzések, Git verziókezelés)
Ismerete az Unix és a Windows környezetekről

A szakmai gyakorlat időtartama

Legalább 2 hónap és legfeljebb 6 hónap

Jelentkezési határidő

ope

A szakmai gyakorlat fizetett?

igen

Van-e szállásbiztosítási támogatás?

nem

Egyéb fontos információk

Érdekel?
A jelentkezéshez kérjük, vedd fel a kapcsolatot a szakmai gyakorlatért felelős személlyel:

Guilhem Zeitoun