De cursus heeft tot doel inzicht en praktische kennis te verschaffen in methoden voor het downloaden, verwerken, analyseren en visualiseren van gegevens uit diverse high-throughput-experimenten. De belangrijkste onderwerpen van de practicum: (1) Inleiding tot de computeromgeving, bash en workflowbeheer, (2) Inleiding tot next-generation sequencing in het algemeen, (3) Genomica, (4) ChIP-seq, (5) Transcriptomica (RNA-seq), (6) Functionele verrijkingsanalyse, (7) Metagenomica met amplificatie van markergenen (16S rRNA), en (8) Proteomica.
Het meest actuele schema, de gedetailleerde beschrijving en de vereisten vind je hier:https://docs.google.com/document/d/1z0–wXp5lenl1WI-p8CLCsZRuaJbkdgog1cmJpR7wlg/edit?usp=sharing
Aan het einde van de cursus beschikt de cursist over de volgende kennis:
Weet hoe gegevens uit high-throughput genetica en proteomica moeten worden verwerkt.
Heeft inzicht in de next-generation sequencing-methoden, de bijbehorende gegevens en de verwerking van de ‘reads’ bij genoomsequencing, ChIP-seq, RNA-seq en 16S rRNA-metagenomische sequencing.
Kent de toepassingsgebieden van moderne biologische onderzoeksmethoden, begrijpt het belang van de ontwikkeling van deze methoden en draagt hier zoveel mogelijk aan bij.
Beschikt over systematische wetenschappelijke kennis.
Kent de verbanden tussen de kennis die in verschillende vakken is opgedaan en begrijpt het belang van een interdisciplinaire aanpak.
Aan het einde van de cursus zal de cursist in staat zijn om:
– zich op professionele wijze uit te drukken, zowel mondeling als schriftelijk, op het gebied van bio-informatica, high-throughput-genetica en proteomica.
– gegevens en kennis te systematiseren en deze te analyseren en te evalueren op basis van wetenschappelijke aspecten.
– verbanden tussen de kennis van verschillende wetenschappelijke vakgebieden te herkennen en te integreren.
Houding:
Houdt zich aan de regels van de onderzoeksethiek en zorgt ervoor dat anderen deze ook naleven.
Verspreidt actief de resultaten van het wetenschappelijk vakgebied, publiceert zelfverzekerd kennis, zelfs in de media, en verdedigt indien nodig zijn/haar professionele standpunt tegen vertegenwoordigers van andere benaderingen en pseudowetenschap.
Staat open voor nieuwe biologische en andere wetenschappelijke onderzoeksresultaten en wetenschappelijke samenwerking. Streeft ernaar bestaande resultaten verder te ontwikkelen en bevordert actief de ontwikkeling van nieuwe onderzoeksrichtingen.
Zet zich in voor kwalitatief hoogstaand werk en stelt hoge eisen aan de wetenschappelijke kennis en ontwikkeling van zichzelf en collega-onderzoekers.
Autonomie en verantwoordelijkheid:
Geeft op verantwoorde wijze zijn of haar mening over kwesties op het gebied van biologie, bio-informatica en high-throughput-methoden, zowel in professionele als in niet-professionele kringen.
Zorgt voor een moderne computeromgeving en draagt bij aan voortdurende methodologische en technologische vernieuwing om zo efficiënt mogelijk te kunnen werken.
Wekelijkse cijfers
Je krijgt wekelijks een cijfer voor je werk. Het gemiddelde van de wekelijkse cijfers maakt de helft uit van je eindcijfer.
Je mag maximaal 3 practica missen. Dit betekent dat je voor die week geen cijfer krijgt en dat het ook niet meetelt voor je eindcijfer.
Projectwerk voor het tentamen
Ieder van jullie moet een OMICS-dataset kiezen om te analyseren met behulp van de methoden die je in de cursus hebt geleerd. Je kunt dus proteomics, SNP-analyse, RNA-seq, ChIP-seq-analyse enzovoort doen. Het is aan jou om te beslissen wat voor soort analyse je gaat uitvoeren. Aarzel niet om contact op te nemen met de docenten als je hulp nodig hebt bij het kiezen van een onderwerp of dataset(s). Als je hebt besloten welke dataset je gaat gebruiken en welke analyses je gaat uitvoeren, schrijf dan uiterlijk op de nader te bepalen datum hier 3-4 zinnen: nader te bepalen. Uiterlijk op de nader te bepalen datum zullen de docenten beoordelen of het voorgestelde onderwerp en de dataset geschikt zijn voor het projectwerk.
Daarna voer je de analyse zelfstandig uit. Zorg ervoor dat elke stap reproduceerbaar is door een logbestand of een rapport aan te maken. Bereid een presentatie van 10 minuten voor met dia’s waarin je de dataset, de analyse en de resultaten beschrijft. Stuur het logbestand of het analyserapport uiterlijk op de nader te bepalen datum per e-mail naar de docenten.
Presenteer je werk aan de docenten en medestudenten op de nog nader te bepalen datum(s) tijdens de practicumles. De docenten en medestudenten kunnen vragen stellen over de analyse die je hebt gepresenteerd.
Het eindcijfer voor de practicumopdracht is gebaseerd op je werk gedurende het hele semester (50%) en je presentatie (50%). Je moet minimaal een 2 halen voor zowel je totale semesterwerk als je analyse en presentatie om deze cursus met succes af te ronden.
Aan het einde van elke college worden aanbevolen literatuur, artikelen en websites vermeld.
Hoorcolleges, demonstraties, practicum: zelfstandig werken op de computer, presentatie van de resultaten.
Cijferlijst