El curs té com a objectiu proporcionar una visió i coneixements pràctics dels mètodes de descàrrega, maneig, processament i visualització de dades de diversos experiments d'alt rendiment. Els temes més importants de la pràctica: (1) Introducció a l'entorn informàtic, bash i gestió del flux de treball, (2) Introducció a la seqüenciació de nova generació en general, (3) Genòmica, (4) Chip-seq, (5) Transcriptòmica (RNA-seq), (6) Anàlisi d'enriquiment funcional, (7) Metagenòmica d'amplificació de gens marcadors (16S rRNA) i (8) Proteòmica.
El calendari més actualitzat, la descripció detallada i els requisits es poden trobar aquí: https://docs.google.com/document/d/1z0–wXp5lenl1WI-p8CLCsZRuaJbkdgog1cmJpR7wlg/edit?usp=sharing
Al final del curs, l'alumne tindrà aquests coneixements:
Sap com processar dades genètiques i proteòmiques d'alt rendiment.
Comprèn els mètodes de seqüenciació de nova generació, les dades i com processar les "lectures" en el cas de la seqüenciació genòmica, Chip-seq, RNA-seq i metagenòmica de 16S rRNA.
Coneix els camps d'aplicació dels mètodes moderns de recerca biològica, comprèn la importància del desenvolupament d'aquests mètodes i hi contribueix en la mesura del possible.
Té coneixement científic sistemàtic.
Coneix les connexions entre els coneixements adquirits en diferents assignatures i comprèn la importància d'un enfocament interdisciplinari.
Al final del curs, l'aprenent podrà:
– expressar-se professionalment, tant oralment com per escrit, en el camp de la bioinformàtica, la genètica d'alt rendiment i la proteòmica.
– sistematitzar dades i coneixements, i analitzar-los i avaluar-los segons aspectes científics.
– reconèixer i integrar les connexions entre el coneixement de diferents camps científics.
Actitud:
S'adhereix a les normes d'ètica de la recerca i fa que els altres les segueixin.
Difon activament els resultats del camp de la ciència, publica amb confiança el coneixement fins i tot als mitjans de comunicació i defensa la seva posició professional contra representants d'altres enfocaments i pseudociències, si cal.
Obert a nous resultats de recerca biològica i d'altra mena, així com a la cooperació científica. Busca desenvolupar encara més els resultats existents i promou activament el desenvolupament de noves línies de recerca.
Compromès amb la qualitat del treball, estableix un alt estàndard per al coneixement científic i el progrés propi i dels seus col·legues investigadors.
Autonomia i responsabilitat:
Expressa opinions sobre temes de biologia, bioinformàtica i mètodes d'alt rendiment de manera responsable en cercles professionals i no professionals.
Manté un entorn informàtic modern i ajuda a la renovació metodològica i tecnològica contínua per tal de treballar de la manera més eficient possible.
Notes setmanals
Rebràs una nota pel teu treball setmanalment. La mitjana de les notes setmanals constituirà la meitat de la teva nota final.
Els estudiants poden perdre fins a 3 pràctiques. Això vol dir que no rebran una nota per aquella setmana, ni comptarà per a la nota final.
Treball de projecte per a l'examen
Cadascun de vosaltres ha de triar un conjunt de dades OMICS per analitzar utilitzant els mètodes que heu après al curs. Així, podeu fer proteòmica, anàlisi de SNP, RNA-seq, anàlisi de ChIP-seq, etc. Depèn de vosaltres decidir quin tipus d'anàlisi realitzareu. No dubteu a contactar amb els instructors si necessiteu ajuda per triar un tema o un conjunt de dades. Si decidiu quin conjunt de dades utilitzar i quines anàlisis dur a terme, escriviu de 3 a 4 frases abans de la data prevista aquí: TBA. Abans de la data prevista, els instructors determinaran si el tema i el conjunt de dades promocionats són adequats per al treball del projecte.
A continuació, feu l'anàlisi pel vostre compte. Assegureu-vos que cada pas sigui reproduïble creant un fitxer de registre o un informe. Prepareu una presentació de 10 minuts amb diapositives que descriguin el conjunt de dades, l'anàlisi i els resultats. Envieu el fitxer de registre o l'informe d'anàlisi per correu electrònic als instructors abans de la data per determinar.
Presenta el teu treball als instructors i als companys en dates per determinar durant la pràctica. Els instructors i els companys poden fer preguntes sobre l'anàlisi que has presentat.
La nota final de les pràctiques es basa en el treball realitzat durant el semestre (50%) i en la presentació (50%). Per completar aquest curs, cal obtenir com a mínim una nota de 2 tant pel treball general del semestre com per l'anàlisi i la presentació.
Al final de cada classe es proporcionaran bibliografia, articles i llocs web recomanats.
Classes magistrals, demostracions, pràctiques: treball individual amb ordinador, presentació dels resultats.
Transcripció de registres