A kurzus célja, hogy áttekintést és gyakorlati ismereteket nyújtson a különféle nagy áteresztőképességű kísérletek adatainak letöltéséről, kezeléséről, feldolgozásáról és vizualizálási módszereiről. A gyakorlati rész legfontosabb témái: (1) Bevezetés a számítógépes környezetbe, a bash parancssorba és a munkafolyamat-kezelésbe, (2) Általános bevezetés a következő generációs szekvenálásba, (3) Genomika, (4) Chip-seq, (5) Transzkriptomika (RNA-seq), (6) Funkcionális gazdagodási elemzés, (7) Markergén-amplifikációs metagenomika (16S rRNA), valamint (8) Proteomika.
A legfrissebb ütemterv, a részletes leírás és a követelmények itt találhatók:https://docs.google.com/document/d/1z0–wXp5lenl1WI-p8CLCsZRuaJbkdgog1cmJpR7wlg/edit?usp=sharing
A kurzus végén a hallgató a következő ismeretekkel fog rendelkezni:
Tudja, hogyan kell feldolgozni a nagy áteresztőképességű genetikai és proteomikai adatokat.
Ismeri a következő generációs szekvenálási módszereket, az adatokat, valamint azt, hogyan kell feldolgozni a „read”-eket genomikus, ChIP-seq, RNA-seq és 16S rRNA metagenomikai szekvenálás esetén.
Ismeri a modern biológiai kutatási módszerek alkalmazási területeit, megérti e módszerek fejlesztésének fontosságát, és amennyire csak lehetséges, hozzájárul azokhoz.
Rendszeres tudományos ismeretekkel rendelkezik.
Ismeri a különböző tantárgyakban megszerzett ismeretek közötti összefüggéseket, és megérti az interdiszciplináris megközelítés fontosságát.
A kurzus végén a hallgató képes lesz:
– szakszerűen kifejezni magát, mind szóban, mind írásban, a bioinformatika, a nagy áteresztőképességű genetika és a proteomika területén.
– rendszerezni az adatokat és az ismereteket, valamint azokat tudományos szempontok szerint elemezni és értékelni.
– felismerni és integrálni a különböző tudományterületek ismeretei közötti összefüggéseket.
Hozzáállás:
Betartja a kutatási etika szabályait, és másokat is arra ösztönöz.
Aktívan terjeszti a tudományterület eredményeit, magabiztosan publikálja ismereteit akár a médiában is, és szükség esetén megvédi szakmai álláspontját más megközelítések képviselőivel és az áltudománnyal szemben.
Nyitott az új biológiai és egyéb tudományos kutatási eredményekre, valamint a tudományos együttműködésre. Törekszik a meglévő eredmények továbbfejlesztésére, és aktívan elősegíti új kutatási irányok kialakulását.
Elkötelezett a minőségi munka iránt, magas színvonalat támaszt a tudományos ismeretekkel, valamint saját és kutatótársai fejlődésével szemben.
Önállóság és felelősség:
Felelősségteljesen fejezi ki véleményét biológiai, bioinformatikai és nagy áteresztőképességű módszerekkel kapcsolatos kérdésekben szakmai és nem szakmai körökben egyaránt.
Korszerű számítógépes környezetet tart fenn, és segíti a módszertani és technológiai megújulást annak érdekében, hogy a lehető leghatékonyabban tudjon dolgozni.
Heti osztályzatok
Munkáitokra hetente kaptok osztályzatot. A heti osztályzatok átlaga a végső osztályzat felét teszi ki.
A hallgatók legfeljebb 3 gyakorlati foglalkozást hagyhatnak ki. Ez azt jelenti, hogy az adott héten nem kapnak osztályzatot, és az a végső osztályzatot sem befolyásolja.
Projektmunka a vizsgához
Mindannyiótoknak ki kell választania egy OMICS-adatkészletet, amelyet a kurzuson tanult módszerek segítségével kell elemezni. Választhattok tehát proteomikát, SNP-elemzést, RNA-seq-et, ChIP-seq-elemzést stb. Ti döntitek el, hogy milyen típusú elemzést fogtok elvégezni. Ne habozzatok kapcsolatba lépni az oktatókkal, ha segítségre van szükségetek a téma vagy az adatkészlet(ek) kiválasztásában. Ha eldöntöttétek, melyik adatkészletet használjátok és milyen elemzéseket végeztek, kérjük, írjatok ide 3–4 mondatot a később megadandó határidőig: TBA. A TBA dátumig az oktatók eldöntik, hogy a javasolt téma és adatkészlet megfelelő-e a projektmunkához.
Ezt követően önállóan elvégzi az elemzést. Gondoskodjon arról, hogy minden lépés reprodukálható legyen, ehhez készítsen naplófájlt vagy jelentést. Készítsen elő egy 10 perces prezentációt diákkal, amely bemutatja az adatkészletet, az elemzést és az eredményeket. A naplófájlt vagy az elemzési jelentést küldje el e-mailben az oktatóknak a TBA dátumig.
Mutassa be munkáját az oktatóknak és a csoporttársainak a gyakorlati foglalkozás során, a később megadandó időpont(ok)ban. Az oktatók és a csoporttársak kérdéseket tehetnek fel az Ön által bemutatott elemzéssel kapcsolatban.
A gyakorlati foglalkozás végső osztályzata a félév során végzett munkáján (50%) és a prezentáción (50%) alapul. A tantárgy sikeres teljesítéséhez mind a félév során végzett munkájára, mind az elemzésére és a prezentációjára legalább 2-es osztályzatot kell szereznie.
Az egyes előadások végén ajánlott irodalmat, cikkeket és weboldalakat fogunk megadni.
Előadások, bemutatók, gyakorlati foglalkozások: önálló munka számítógépen, az eredmények bemutatása.
Tanulmányi eredményekről szóló igazolás