Kurset tar sikte på å gi et innblikk i og praktisk kunnskap om datanedlasting, håndtering, prosessering og visualiseringsmetoder for ulike høykapasitetseksperimenter. De viktigste temaene i den praktiske delen: (1) Introduksjon til datamiljøet, bash og arbeidsflythåndtering, (2) Introduksjon til neste generasjons sekvensering generelt, (3) Genomikk, (4) Chip-seq, (5) Transkriptomikk (RNA-seq), (6) Funksjonell anrikningsanalyse, (7) Markørgenamplifiseringsmetagenomikk (16S rRNA), og (8) Proteomikk.
Den mest oppdaterte timeplanen, detaljert beskrivelse og krav finner du her: https://docs.google.com/document/d/1z0–wXp5lenl1WI-p8CLCsZRuaJbkdgog1cmJpR7wlg/edit?usp=sharing
Ved slutten av kurset vil studenten ha denne kunnskapen:
Vet hvordan man behandler genetiske og proteomiske data med høy gjennomstrømning.
Forstår neste generasjons sekvenseringsmetoder, data og hvordan man behandler «avlesningene» i tilfelle genomisk, Chip-seq, RNA-seq og 16S rRNA metagenomisk sekvensering.
Kjenner anvendelsesområdene til moderne biologiske forskningsmetoder, forstår viktigheten av utviklingen av disse metodene, og bidrar til den så mye som mulig.
Har systematisk vitenskapelig kunnskap.
Kjenner til sammenhengene mellom kunnskapen som er tilegnet seg i ulike fag, og forstår viktigheten av en tverrfaglig tilnærming.
Ved slutten av kurset vil studenten kunne:
– uttrykke seg profesjonelt, både muntlig og skriftlig, innen bioinformatikk, høykapasitetsgenetikk og proteomikk.
– systematisere data og kunnskap, og analysere og evaluere dem i henhold til vitenskapelige aspekter.
– gjenkjenne og integrere sammenhenger mellom kunnskapen fra ulike vitenskapelige felt.
Holdning:
Overholder og får andre til å følge forskningsetiske regler.
Formider aktivt resultatene fra vitenskapsfeltet, publiserer kunnskap med selvtillit selv i media, og forsvarer sin profesjonelle posisjon mot representanter for andre tilnærminger og pseudovitenskap, om nødvendig.
Åpen for nye biologiske og andre vitenskapelige forskningsresultater og vitenskapelig samarbeid. Søker å videreutvikle eksisterende resultater og fremmer aktivt utviklingen av nye forskningsretninger.
Forpliktet til kvalitetsarbeid, setter en høy standard for vitenskapelig kunnskap og utvikling for seg selv og andre forskere.
Autonomi og ansvar:
Uttrykker synspunkter på biologiske, bioinformatiske og høykapasitetsmetodiske problemstillinger på en ansvarlig måte i profesjonelle og ikke-profesjonelle kretser.
Opprettholder et moderne datamiljø og bidrar til kontinuerlig metodisk og teknologisk fornyelse for å kunne jobbe så effektivt som mulig
Ukentlige karakterer
Du vil få en karakter for arbeidet ditt ukentlig. Gjennomsnittet av de ukentlige karakterene vil utgjøre halvparten av den endelige karakteren din.
Studentene kan gå glipp av opptil 3 øvinger. Dette betyr at du ikke får karakter for den uken, og den teller heller ikke med i den endelige karakteren din.
Prosjektarbeid til eksamen
Hver av dere må velge et OMICS-datasett å analysere ved hjelp av metodene dere har lært i kurset. Slik at dere kan utføre proteomikk, SNP-analyse, RNA-sekvenseringsanalyse, ChIP-sekvenseringsanalyse osv. Det er opp til dere å bestemme hva slags analyse dere vil utføre. Ikke nøl med å kontakte instruktørene hvis dere trenger hjelp til å velge et emne eller datasett. Hvis dere bestemmer hvilket datasett dere skal bruke og hvilke analyser dere skal utføre, vennligst skriv 3–4 setninger innen tba-datoen her: TBA. Innen tba-datoen vil instruktørene avgjøre om det promoterte emnet og datasettet er passende for prosjektarbeidet.
Deretter utfører du analysen på egenhånd. Sørg for at hvert trinn er reproduserbart ved å opprette en loggfil eller en rapport. Forbered en 10-minutters presentasjon med lysbilder som beskriver datasettet, analysen og resultatene. Send loggfilen eller analyserapporten via e-post til instruktørene innen en dato som skal fastsettes senere.
Presenter arbeidet ditt for instruktørene og medstudentene på den/de datoene som blir bestemt ennå, under praksisperioden. Instruktørene og medstudentene kan stille spørsmål om analysen du presenterte.
Den endelige praktiske karakteren er basert på arbeidet ditt gjennom semesteret (50 %) og presentasjonen din (50 %). Du må oppnå minimum karakteren 2 for både semesterarbeidet samlet og analysen og presentasjonen din for å fullføre dette kurset.
Anbefalt litteratur, artikler og nettsider vil bli gitt på slutten av hver forelesning.
Forelesninger, demonstrasjon, praktisk: individuelt arbeid på datamaskiner, presentasjon av resultatene.
Utskrift av journaler