Ce cours a pour objectif de fournir une vue d'ensemble et des connaissances pratiques sur les méthodes de téléchargement, de manipulation, de traitement et de visualisation des données issues de diverses expériences à haut débit. Les principaux thèmes abordés lors des travaux pratiques sont les suivants : (1) introduction à l'environnement informatique et à Bash, (2) introduction au séquençage de nouvelle génération, (3) génomique, (4) ChIP-seq, (5) transcriptomique (RNA-seq), (6) analyse d'enrichissement fonctionnel, (7) métagénomique par amplification de gènes marqueurs (ARN ribosomique 16S) et (8) protéomique.
Vous trouverez ici le calendrier le plus récent, une description détaillée et les conditions requises : https://docs.google.com/document/d/1okHYnyxcyyCyohYHSyNDFSWE4sEnllHoQKyvVrJ2-Z0/edit?usp=sharing
À l'issue de cette formation, le participant aura acquis les connaissances suivantes :
Sait traiter des données génétiques et protéomiques à haut débit.
Maîtrise les méthodes de séquençage de nouvelle génération, les données associées, ainsi que le traitement des « lectures » dans le cadre du séquençage génomique, du ChIP-seq, du RNA-seq et du séquençage métagénomique de l'ARN ribosomique 16S.
Connaît les domaines d’application des méthodes modernes de recherche biologique, comprend l’importance du développement de ces méthodes et y contribue autant que possible.
Possède des connaissances scientifiques systématiques.
Connaît les liens entre les connaissances acquises dans différentes disciplines et comprend l’importance d’une approche interdisciplinaire.
À l’issue de la formation, l’apprenant sera capable de :
S’exprimer de manière professionnelle, tant à l’oral qu’à l’écrit, dans les domaines de la bio-informatique, de la génétique à haut débit et de la protéomique.
Systématiser les données et les connaissances, puis les analyser et les évaluer selon des critères scientifiques.
Reconnaître et intégrer les liens entre les connaissances issues de différents domaines scientifiques.
Attitude :
Respecte les règles de l’éthique de la recherche et veille à ce que les autres les respectent également.
Diffuse activement les résultats de son domaine scientifique, publie ses connaissances avec assurance, y compris dans les médias, et défend sa position professionnelle face aux représentants d’autres approches et de la pseudoscience, si nécessaire.
Ouvert aux nouveaux résultats de la recherche biologique et scientifique en général, ainsi qu’à la coopération scientifique. Cherche à approfondir les résultats existants et promeut activement le développement de nouvelles orientations de recherche.
Soucieux de la qualité de son travail, il fixe des normes élevées en matière de connaissances scientifiques et de progression, tant pour lui-même que pour ses collègues chercheurs.
Autonomie et responsabilité :
Exprime de manière responsable ses opinions sur les questions relatives à la biologie, à la bio-informatique et aux méthodes à haut débit, tant dans les cercles professionnels que non professionnels.
…
Notes hebdomadaires : vous recevrez chaque semaine une note pour votre travail. Si vous parvenez à terminer votre travail pendant le cours pratique, la note hebdomadaire vous sera attribuée sur place. Si vous n’avez pas pu terminer votre travail pendant le cours pratique, vous pouvez envoyer les solutions et le fichier journal par e-mail à l’enseignant avant la fin de la semaine en cours (!). Une fois la semaine écoulée depuis le cours pratique, chaque semaine supplémentaire entraînera une pénalité d’un point. (Par exemple : si vous envoyez un travail pratique entièrement résolu 10 jours après le cours pratique, vous obtiendrez la note 4 pour ce travail.)
Si vous n’avez manqué aucun cours pratique, vous pouvez obtenir au maximum 11 notes hebdomadaires.
La moyenne des notes hebdomadaires représentera la moitié de votre note finale.
Absence à un cours pratique : les étudiants en master peuvent manquer au maximum 3 cours pratiques. Cela signifie que vous ne recevrez pas de note pour cette semaine-là et que celle-ci ne sera pas prise en compte dans votre note finale.
L'examen : Chacun d'entre vous doit choisir un ensemble de données à analyser à l'aide des méthodes apprises dans le cadre du cours. Vous pouvez donc vous orienter vers la protéomique, l'analyse des SNP, le séquençage d'ARN (RNA-seq), l'analyse ChIP-seq, etc. C'est à vous de décider du type d'analyse que vous souhaitez réaliser. N’hésitez pas à nous contacter si vous avez besoin d’aide pour choisir un sujet ou un ou plusieurs ensembles de données. Une fois que vous aurez déterminé l’ensemble de données à utiliser et les analyses à réaliser, veuillez rédiger 3 à 4 phrases avant le (date : à confirmer) ici : (lien vers le document). D’ici le (date : à confirmer), les enseignants détermineront si le sujet et l’ensemble de données proposés sont appropriés pour l’examen.
Vous effectuez ensuite l’analyse de manière autonome. Veillez à ce que chaque étape soit reproductible en créant un fichier journal ou un rapport. Préparez une présentation de 10 minutes avec des diapositives décrivant le jeu de données, l’analyse et les résultats. Envoyez-nous le fichier journal ou le rapport d’analyse par e-mail avant le (date : à confirmer).
Présentez votre travail aux enseignants et à vos camarades le (date : à confirmer) pendant le cours pratique. Les enseignants et vos camarades pourront vous poser des questions sur l'analyse que vous aurez présentée.
La note finale du cours pratique est basée sur votre travail tout au long du semestre (50 %) et sur votre présentation
Une liste d'ouvrages, d'articles et de sites Internet recommandés sera fournie à la fin de chaque cours.
Travaux individuels et en groupe lors des travaux pratiques sur ordinateur.
Relevé de notes