A kurzus célja, hogy áttekintést és gyakorlati ismereteket nyújtson a különféle nagy áteresztőképességű kísérletek adatainak letöltéséről, kezeléséről, feldolgozásáról és vizualizálásáról. A gyakorlati foglalkozás legfontosabb témái: (1) Bevezetés a számítógépes környezetbe és a bash parancssorba, (2) Bevezetés a következő generációs szekvenálásba, (3) Genomika, (4) Chip-seq, (5) Transzkriptomika (RNA-seq), (6) Funkcionális gazdagodási elemzés, (7) Markergén-amplifikációs metagenomika (16S rRNA), valamint (8) Proteomika.
A legfrissebb menetrend, a részletes leírás és a követelmények itt találhatók: https://docs.google.com/document/d/1okHYnyxcyyCyohYHSyNDFSWE4sEnllHoQKyvVrJ2-Z0/edit?usp=sharing
A kurzus végén a hallgató a következő ismeretekkel fog rendelkezni:
Tudja, hogyan kell feldolgozni a nagy áteresztőképességű genetikai és proteomikai adatokat.
Ismeri a következő generációs szekvenálási módszereket, az adatokat, valamint azt, hogyan kell feldolgozni a „read”-eket genomikus, ChIP-seq, RNA-seq és 16S rRNA metagenomikai szekvenálás esetén.
Ismeri a modern biológiai kutatási módszerek alkalmazási területeit, megérti e módszerek fejlesztésének fontosságát, és amennyire csak lehetséges, hozzájárul azokhoz.
Rendszeres tudományos ismeretekkel rendelkezik.
Ismeri a különböző tantárgyakban megszerzett ismeretek közötti összefüggéseket, és megérti az interdiszciplináris megközelítés fontosságát.
A kurzus végén a hallgató képes lesz:
Szakmailag kifejezni magát, mind szóban, mind írásban a bioinformatika, a nagy áteresztőképességű genetika és a proteomika területén.
Rendszerezni az adatokat és az ismereteket, valamint azokat tudományos szempontok szerint elemezni és értékelni.
Felismerni és integrálni a különböző tudományterületek ismeretei közötti összefüggéseket.
Hozzáállás:
Betartja a kutatási etika szabályait, és másokat is arra ösztönöz.
Aktívan terjeszti a tudományterület eredményeit, magabiztosan publikálja ismereteit akár a médiában is, és szükség esetén megvédi szakmai álláspontját más megközelítések képviselőivel és az áltudománnyal szemben.
Nyitott az új biológiai és egyéb tudományos kutatási eredményekre, valamint a tudományos együttműködésre. Törekszik a meglévő eredmények továbbfejlesztésére, és aktívan előmozdítja új kutatási irányok kialakulását.
Elkötelezett a minőségi munka iránt, magas színvonalat tűz ki a tudományos ismeretek és saját, valamint kutatótársai fejlődése tekintetében.
Önállóság és felelősség:
Felelősségteljesen fejezi ki véleményét biológiai, bioinformatikai és nagy áteresztőképességű módszerekkel kapcsolatos kérdésekben szakmai és nem szakmai körökben egyaránt.
…
Heti osztályzatok: A feladatokra hetente kapsz osztályzatot. Ha a gyakorlat során befejezed a feladatot, ott kapod meg a heti osztályzatot. Ha a gyakorlat során nem sikerült befejezned a feladatot, a megoldásokat és a naplófájlt e-mailben elküldheted az oktatónak az adott hét vége előtt(!). A gyakorlat után eltelt egy hét után minden további hét egy osztályzat levonással jár. (Például: ha a gyakorlatot követő 10 nap múlva küldöd el a teljesen megoldott gyakorlatot, akkor 4-es osztályzatot kapsz arra a feladatra.)
Ha egyetlen gyakorlatot sem hagytál ki, akkor legfeljebb 11 heti osztályzatot kaphatsz.
A heti osztályzatok átlaga a végső osztályzatod felét fogja kiadni.
Gyakorlat kihagyása: Az MSc hallgatók legfeljebb 3 gyakorlatot hagyhatnak ki. Ez azt jelenti, hogy az adott héten nem kapsz osztályzatot, és az nem számít bele a végső osztályzatodba sem.
A vizsga: Mindannyiótoknak ki kell választania egy adatkészletet, amelyet a kurzuson tanult módszerek segítségével elemeztek. Választhattok tehát proteomikát, SNP-elemzést, RNA-seq-et, ChIP-seq-elemzést stb. Rajtatok múlik, hogy milyen típusú elemzést fogtok elvégezni. Ne habozzatok kapcsolatba lépni velünk, ha segítségre van szükségetek a téma vagy az adatkészlet(ek) kiválasztásában. Ha eldöntöttétek, melyik adatkészletet használjátok és milyen elemzéseket végeztek, kérjük, írjatok 3–4 mondatot (határidő: később közöljük) ide: (link a dokumentumhoz). (Határidő: később közöljük)ig az oktatók eldöntik, hogy a javasolt téma és adatkészlet megfelelő-e a vizsgához.
Ezt követően önállóan elvégzi az elemzést. Gondoskodjon arról, hogy minden lépés reprodukálható legyen, ehhez készítsen naplófájlt vagy jelentést. Készítsen elő egy 10 perces, diákkal kísért prezentációt, amely bemutatja az adatkészletet, az elemzést és az eredményeket. Küldje el nekünk e-mailben az elemzés naplófájlját vagy jelentését (dátum: később közöljük).
Mutassa be munkáját az oktatóknak és a csoporttársainak (dátum: később közöljük) a gyakorlati foglalkozás során. Az oktatók és a csoporttársak kérdéseket tehetnek fel az Ön által bemutatott elemzéssel kapcsolatban.
A gyakorlati foglalkozás végső osztályzata a félév során végzett munkáján (50%) és a prezentációján alapul.
Az egyes előadások végén ajánlott irodalmat, cikkeket és weboldalakat fogunk megadni.
Egyéni és csoportos feladatok a számítógépes gyakorlati foglalkozások során.
Tanulmányi eredményekről szóló igazolás