A kurzus célja, hogy áttekintést és gyakorlati ismereteket nyújtson a különféle nagy áteresztőképességű kísérletek adatainak letöltéséről, kezeléséről, feldolgozásáról és vizualizációs módszereiről. A gyakorlati foglalkozás legfontosabb témái: (1) Bevezetés a számítógépes környezetbe és a bash parancssorba, (2) Bevezetés a következő generációs szekvenálásba, (3) Genomika, (4) Chip-seq, (5) Transzkriptomika (RNA-seq), (6) Funkcionális gazdagodási elemzés, (7) Markergén-amplifikációs metagenomika (16S rRNA), valamint (8) Proteomika.
A legfrissebb menetrend, a részletes leírás és a követelmények itt találhatók: https://docs.google.com/document/d/1okHYnyxcyyCyohYHSyNDFSWE4sEnllHoQKyvVrJ2-Z0/edit?usp=sharing
A kurzus végén a hallgató a következő ismeretekkel fog rendelkezni:
Tudja, hogyan kell feldolgozni a nagy áteresztőképességű genetikai és proteomikai adatokat.
Ismeri a következő generációs szekvenálási módszereket, az adatokat, valamint azt, hogyan kell feldolgozni a „read”-eket genomikus, ChIP-seq, RNA-seq és 16S rRNA metagenomikai szekvenálás esetén.
Ismeri a modern biológiai kutatási módszerek alkalmazási területeit, megérti e módszerek fejlesztésének fontosságát, és amennyire csak lehetséges, hozzájárul azokhoz.
Rendszeres tudományos ismeretekkel rendelkezik.
Ismeri a különböző tantárgyakban megszerzett ismeretek közötti összefüggéseket, és megérti az interdiszciplináris megközelítés fontosságát.
A kurzus végén a hallgató képes lesz:
Szakmailag kifejezni magát, mind szóban, mind írásban a bioinformatika, a nagy áteresztőképességű genetika és a proteomika területén.
Rendszerezni az adatokat és az ismereteket, valamint azokat tudományos szempontok szerint elemezni és értékelni.
Felismerni és integrálni a különböző tudományterületek ismeretei közötti összefüggéseket.
Hozzáállás:
Betartja a kutatási etika szabályait, és másokat is arra ösztönöz.
Aktívan terjeszti a tudományterület eredményeit, magabiztosan publikálja tudását akár a médiában is, és szükség esetén megvédi szakmai álláspontját más megközelítések képviselőivel és az áltudománnyal szemben.
Nyitott az új biológiai és egyéb tudományos kutatási eredményekre, valamint a tudományos együttműködésre. Törekszik a meglévő eredmények továbbfejlesztésére, és aktívan előmozdítja az új kutatási irányok kialakulását.
Elkötelezett a minőségi munka iránt, magas színvonalat tűz ki a tudományos ismeretek és saját, valamint kutatótársai fejlődése tekintetében.
Autonómia és felelősség:
Felelősségteljesen fejezi ki véleményét biológiai, bioinformatikai és nagy áteresztőképességű módszerekkel kapcsolatos kérdésekben szakmai és nem szakmai körökben egyaránt.
…
Heti osztályzatok: A feladatokra hetente kapsz osztályzatot. Ha a gyakorlat során sikerül befejezned a feladatot, ott kapod meg a heti osztályzatot. Ha a gyakorlat során nem sikerült befejezned a feladatot, a megoldásokat és a naplófájlt e-mailben elküldheted az oktatónak az adott hét vége előtt(!). A gyakorlat után eltelt egy hét után minden további hét egy osztályzat levonással jár. (Például: ha a teljesen megoldott gyakorlatot 10 nappal a gyakorlat után küldöd el, akkor 4-es osztályzatot kapsz arra a feladatra.)
Ha egyetlen gyakorlatot sem hagytál ki, akkor legfeljebb 11 heti osztályzatod lehet.
A heti osztályzatok átlaga a végső osztályzatod felét teszi ki.
Gyakorlat kihagyása: Az MSc hallgatók legfeljebb 3 gyakorlatot hagyhatnak ki. Ez azt jelenti, hogy az adott héten nem kapsz osztályzatot, és az nem számít bele a végső osztályzatodba sem.
A vizsga: Mindannyiótoknak ki kell választania egy adatsort, amelyet a kurzuson tanult módszerek segítségével kell elemezni. Választhattok tehát proteomikát, SNP-elemzést, RNA-seq-et, ChIP-seq-elemzést stb. Ti döntitek el, hogy milyen típusú elemzést fogtok végezni. Ne habozzatok kapcsolatba lépni velünk, ha segítségre van szükségetek a téma vagy az adatkészlet(ek) kiválasztásában. Ha eldöntöttétek, melyik adatkészletet használjátok és milyen elemzéseket végeztek, kérjük, írjatok 3–4 mondatot (határidő: később közöljük) ide: (link a dokumentumhoz). (Határidő: később közöljük)ig az oktatók eldöntik, hogy a javasolt téma és adatkészlet megfelelő-e a vizsgához.
Ezt követően önállóan elvégzi az elemzést. Gondoskodjon arról, hogy minden lépés reprodukálható legyen, ehhez készítsen naplófájlt vagy jelentést. Készítsen elő egy 10 perces prezentációt diákkal, amely bemutatja az adatkészletet, az elemzést és az eredményeket. Küldje el nekünk e-mailben az elemzés naplófájlját vagy jelentését (dátum: később közöljük).
Mutassa be munkáját az oktatóknak és a hallgatótársainak (dátum: később közöljük) a gyakorlati foglalkozás során. Az oktatók és a hallgatótársai kérdéseket tehetnek fel az Ön által bemutatott elemzéssel kapcsolatban.
A gyakorlati foglalkozás végső osztályzata a félév során elvégzett munkáján (50%) és a prezentációján alapul.
Az egyes előadások végén ajánlott szakirodalmat, cikkeket és weboldalakat fogunk megadni.
Egyéni és csoportos feladatok a számítógépes gyakorlati órák során.
Tanulmányi eredményekről szóló igazolás