Kursen syftar till att ge en överblick och praktiska kunskaper om metoder för nedladdning, hantering, bearbetning och visualisering av data från olika högkapacitetsexperiment. De viktigaste ämnena i den praktiska delen: (1) Introduktion till datormiljön och bash, (2) Introduktion till nästa generations sekvensering, (3) Genomik, (4) ChIP-seq, (5) Transkriptomik (RNA-seq), (6) Funktionell anrikningsanalys, (7) Metagenomik med amplifikation av markörgener (16S rRNA) och (8) Proteomik.
Det senaste schemat, en detaljerad beskrivning och kraven finns här: https://docs.google.com/document/d/1okHYnyxcyyCyohYHSyNDFSWE4sEnllHoQKyvVrJ2-Z0/edit?usp=sharing
Vid kursens slut kommer deltagaren att ha följande kunskaper:
Kan bearbeta genetik- och proteomikdata med hög genomströmning.
Förstår nästa generations sekvenseringsmetoder, data och hur man bearbetar ”reads” vid genomsekvensering, ChIP-seq, RNA-seq och 16S rRNA-metagenomiksekvensering.
Känner till tillämpningsområdena för moderna biologiska forskningsmetoder, förstår vikten av utvecklingen av dessa metoder och bidrar till denna i så stor utsträckning som möjligt.
Besitter systematiska vetenskapliga kunskaper.
Känner till kopplingarna mellan de kunskaper som förvärvats inom olika ämnen och förstår vikten av ett tvärvetenskapligt tillvägagångssätt.
Vid kursens slut ska den studerande kunna:
Kan uttrycka sig professionellt, både muntligt och skriftligt, inom områdena bioinformatik, högkapacitetsgenetik och proteomik.
Kan systematisera data och kunskap samt analysera och utvärdera dem utifrån vetenskapliga aspekter.
Kan identifiera och integrera samband mellan kunskaper från olika vetenskapsområden.
Attityd:
Följer och ser till att andra följer reglerna för forskningsetik.
Sprider aktivt resultaten inom vetenskapsområdet, publicerar med självförtroende kunskap även i media och försvarar vid behov sin professionella ståndpunkt mot företrädare för andra synsätt och pseudovetenskap.
Är öppen för nya biologiska och andra vetenskapliga forskningsresultat samt vetenskapligt samarbete. Strävar efter att vidareutveckla befintliga resultat och främjar aktivt utvecklingen av nya forskningsinriktningar.
Är engagerad i kvalitetsarbete och ställer höga krav på den vetenskapliga kunskapen och utvecklingen hos sig själv och kollegor.
Självständighet och ansvar:
Uttrycker åsikter om frågor rörande biologi, bioinformatik och högkapacitetsmetoder på ett ansvarsfullt sätt i både professionella och icke-professionella kretsar.
…
Veckobetyg: Du får ett betyg för ditt arbete varje vecka. Om du hinner slutföra ditt arbete under övningen får du veckobetyget direkt där. Om du inte hann slutföra ditt arbete under övningen kan du skicka lösningarna och loggfilen via e-post till föreläsaren innan den aktuella veckan är slut(!). När en vecka har gått sedan övningen kommer varje ytterligare vecka att leda till ett betygsavdrag på ett. (Exempel: om du skickar in en fullständigt löst övning 10 dagar efter övningen får du betyg 4 för det arbetet.)
Om du inte har missat någon övning kan du få högst 11 veckobetyg.
Medelvärdet av veckobetygen utgör hälften av ditt slutbetyg.
Att missa en övning: Masterstudenter får missa högst 3 övningar. Det innebär att du inte får något betyg för den veckan och att den inte heller räknas in i ditt slutbetyg.
Tentamen: Var och en av er måste välja en datamängd att analysera med hjälp av de metoder ni har lärt er under kursen. Ni kan alltså arbeta med proteomik, SNP-analys, RNA-seq, ChIP-seq-analys osv. Det är upp till er att bestämma vilken typ av analys ni ska utföra. Tveka inte att kontakta oss om ni behöver hjälp med att välja ämne eller datamängd(er). När ni har bestämt vilken datamängd ni ska använda och vilka analyser ni ska genomföra, skriv 3–4 meningar senast (datum: meddelas senare) här: (länk till dokumentet). Senast (datum: meddelas senare) kommer föreläsarna att avgöra om det föreslagna ämnet och datamängden är lämpliga för tentamen.
Därefter utför du analysen på egen hand. Se till att varje steg går att återskapa genom att skapa en loggfil eller en rapport. Förbered en 10-minuterspresentation med bilder som beskriver datamängden, analysen och resultaten. Skicka loggfilen eller rapporten om analysen till oss via e-post senast (datum: meddelas senare).
Presentera ditt arbete för lärarna och kurskamraterna den (datum: meddelas senare) under övningen. Lärarna och kurskamraterna kan ställa frågor om den analys du har presenterat.
Det slutgiltiga betyget för övningen baseras på ditt arbete under hela terminen (50 %) och din presentation
Rekommenderad litteratur, artiklar och webbplatser kommer att anges i slutet av varje föreläsning.
Individuella och gruppuppgifter under de praktiska övningarna vid datorerna.
Studieutdrag