Kurset tar sikte på å gi et innblikk i og praktisk kunnskap om datanedlasting, håndtering, prosessering og visualiseringsmetoder for ulike høykapasitetseksperimenter. De viktigste temaene i den praktiske delen: (1) Introduksjon til datamiljøet og til bash, (2) Introduksjon til neste generasjons sekvensering, (3) Genomikk, (4) Chip-seq, (5) Transkriptomikk (RNA-seq), (6) Funksjonell anrikningsanalyse, (7) Markørgenamplifiseringsmetagenomikk (16S rRNA), og (8) Proteomikk.
Den mest oppdaterte timeplanen, detaljert beskrivelse og krav finner du her: https://docs.google.com/document/d/1okHYnyxcyyCyohYHSyNDFSWE4sEnllHoQKyvVrJ2-Z0/edit?usp=sharing
Ved slutten av kurset vil studenten ha denne kunnskapen:
Vet hvordan man behandler genetiske og proteomiske data med høy gjennomstrømning.
Forstår neste generasjons sekvenseringsmetoder, data og hvordan man behandler «avlesningene» i tilfelle genomisk, Chip-seq, RNA-seq og 16S rRNA metagenomisk sekvensering.
Kjenner anvendelsesområdene til moderne biologiske forskningsmetoder, forstår viktigheten av utviklingen av disse metodene, og bidrar til den så mye som mulig.
Har systematisk vitenskapelig kunnskap.
Kjenner til sammenhengene mellom kunnskapen som er tilegnet seg i ulike fag, og forstår viktigheten av en tverrfaglig tilnærming.
Ved slutten av kurset vil studenten kunne:
Evne til å uttrykke seg profesjonelt, både muntlig og skriftlig, innen bioinformatikk, høykapasitetsgenetikk og proteomikk.
Evne til å systematisere data og kunnskap, og analysere og evaluere dem i henhold til vitenskapelige aspekter.
Kan gjenkjenne og integrere sammenhenger mellom kunnskapen fra ulike vitenskapelige felt.
Holdning:
Overholder og får andre til å følge forskningsetiske regler.
Formider aktivt resultatene fra vitenskapsfeltet, publiserer kunnskap med selvtillit selv i media, og forsvarer sin profesjonelle posisjon mot representanter for andre tilnærminger og pseudovitenskap, om nødvendig.
Åpen for nye biologiske og andre vitenskapelige forskningsresultater og vitenskapelig samarbeid. Søker å videreutvikle eksisterende resultater og fremmer aktivt utviklingen av nye forskningsretninger.
Forpliktet til kvalitetsarbeid, setter en høy standard for vitenskapelig kunnskap og utvikling for seg selv og andre forskere.
Autonomi og ansvar:
Uttrykker synspunkter på biologiske, bioinformatiske og høykapasitetsmetodiske problemstillinger på en ansvarlig måte i profesjonelle og ikke-profesjonelle kretser.
…
Ukentlige karakterer: Du vil motta en karakter for arbeidet ditt ukentlig. Hvis du klarte å fullføre arbeidet ditt i løpet av praksisperioden, vil du motta den ukentlige karakteren der. Hvis du ikke klarte å fullføre arbeidet ditt i løpet av praksisperioden, kan du sende løsningene og loggfilen via e-post til foreleseren før slutten av den faktiske uken(!). Etter at det har gått en uke siden praksisperioden, vil hver ekstra uke resultere i en minuskarakter. (For eksempel: hvis du sender en fullstendig løst praksisoppgave 10 dager etter praksisperioden, vil du få karakteren 4 for den oppgaven.)
Hvis du ikke gikk glipp av noen praktiske øvelser, kan du ha maksimalt 11 ukentlige karakterer.
Gjennomsnittet av de ukentlige karakterene vil utgjøre halvparten av den endelige karakteren din.
Gå glipp av en praksis: Masterstudenter kan gå glipp av maksimalt 3 praksiser. Dette betyr at du ikke vil få karakter for den uken, og den vil heller ikke telle mot den endelige karakteren din.
Eksamen: Hver av dere må velge et datasett å analysere ved hjelp av metodene dere har lært i kurset. Dere kan altså gjøre proteomikk, SNP-analyse, RNA-sekvensering, ChIP-sekvenseringsanalyse osv. Det er opp til dere å bestemme hva slags analyse dere vil utføre. Ikke nøl med å kontakte oss hvis dere trenger hjelp til å velge et emne eller datasett. Hvis dere bestemmer dere for hvilket datasett dere skal bruke og hvilke analyser dere skal utføre, vennligst skriv 3–4 setninger innen (dato: TBA) her: (lenke til dokumentet). Innen (dato: TBA) vil foreleserne avgjøre om det promoterte emnet og datasettet er passende for eksamen.
Deretter utfører du analysen på egenhånd. Sørg for at hvert trinn er reproduserbart ved å opprette en loggfil eller en rapport. Forbered en 10-minutters presentasjon med lysbilder som beskriver datasettet, analysen og resultatene. Send oss loggfilen eller rapporten fra analysen på e-post innen (dato: TBA).
Presenter arbeidet ditt for foreleserne og fagfellene den (dato: TBA) i løpet av den praktiske perioden. Foreleserne og fagfellene kan stille spørsmål om analysen du presenterte.
Den endelige praktiske karakteren er basert på arbeidet ditt gjennom semesteret (50 %) og presentasjonen din.
Anbefalt litteratur, artikler og nettsider vil bli gitt på slutten av hver forelesning.
Individuelt og i gruppearbeid under praksis på datamaskiner.
Utskrift av journaler