El curs té com a objectiu proporcionar una visió i coneixements pràctics dels mètodes de descàrrega, maneig, processament i visualització de dades en diversos experiments d'alt rendiment. Els temes més importants de la pràctica: (1) Introducció a l'entorn informàtic i a bash, (2) Introducció a la seqüenciació de nova generació, (3) Genòmica, (4) Chip-seq, (5) Transcriptòmica (RNA-seq), (6) Anàlisi d'enriquiment funcional, (7) Metagenòmica d'amplificació de gens marcadors (16S rRNA) i (8) Proteòmica.
El calendari més actualitzat, la descripció detallada i els requisits es poden trobar aquí: https://docs.google.com/document/d/1okHYnyxcyyCyohYHSyNDFSWE4sEnllHoQKyvVrJ2-Z0/edit?usp=sharing
Al final del curs, l'alumne tindrà aquests coneixements:
Sap com processar dades genètiques i proteòmiques d'alt rendiment.
Comprèn els mètodes de seqüenciació de nova generació, les dades i com processar les "lectures" en el cas de la seqüenciació genòmica, Chip-seq, RNA-seq i metagenòmica de 16S rRNA.
Coneix els camps d'aplicació dels mètodes moderns de recerca biològica, comprèn la importància del desenvolupament d'aquests mètodes i hi contribueix en la mesura del possible.
Té coneixement científic sistemàtic.
Coneix les connexions entre els coneixements adquirits en diferents assignatures i comprèn la importància d'un enfocament interdisciplinari.
Al final del curs, l'aprenent podrà:
Capacitat d'expressar-se professionalment, tant oralment com per escrit, en el camp de la bioinformàtica, la genètica d'alt rendiment i la proteòmica.
Capacitat de sistematitzar dades i coneixements, i analitzar-los i avaluar-los segons aspectes científics.
Pot reconèixer i integrar connexions entre el coneixement de diferents camps científics.
Actitud:
S'adhereix a les normes d'ètica de la recerca i fa que els altres les segueixin.
Difon activament els resultats del camp de la ciència, publica amb confiança el coneixement fins i tot als mitjans de comunicació i defensa la seva posició professional contra representants d'altres enfocaments i pseudociències, si cal.
Obert a nous resultats de recerca biològica i d'altra mena, així com a la cooperació científica. Busca desenvolupar encara més els resultats existents i promou activament el desenvolupament de noves línies de recerca.
Compromès amb la qualitat del treball, estableix un alt estàndard per al coneixement científic i el progrés propi i dels seus col·legues investigadors.
Autonomia i responsabilitat:
Expressa opinions sobre temes de biologia, bioinformàtica i mètodes d'alt rendiment de manera responsable en cercles professionals i no professionals.
…
Notes setmanals: Rebràs una nota pel teu treball setmanalment. Si has pogut acabar el teu treball durant la pràctica, rebràs la nota setmanal allà. Si no has pogut acabar el teu treball durant la pràctica, pots enviar les solucions i el fitxer de registre per correu electrònic al professor abans que acabi la setmana real (!). Després d'una setmana des de la pràctica, cada setmana addicional resultarà en una nota negativa. (Per exemple: si envies una pràctica completament resolta 10 dies després de la pràctica, obtindràs una nota de 4 per aquest treball.)
Si no has faltat a cap pràctica, pots tenir un màxim d'11 notes setmanals.
La mitjana de les notes setmanals constituirà la meitat de la nota final.
Faltar a una pràctica: els estudiants de màster poden perdre un màxim de 3 pràctiques. Això significa que no rebran una nota d'aquella setmana ni comptarà per a la nota final.
L'examen: Cadascun de vosaltres ha de triar un conjunt de dades per analitzar utilitzant els mètodes que heu après al curs. Així doncs, podeu fer proteòmica, anàlisi de SNP, RNA-seq, anàlisi de ChIP-seq, etc. Depèn de vosaltres decidir quin tipus d'anàlisi realitzareu. No dubteu a contactar amb nosaltres si necessiteu ajuda per triar un tema o un conjunt de dades. Si decidiu quin conjunt de dades utilitzar i quines anàlisis dur a terme, escriviu de 3 a 4 frases abans del (data: per determinar) aquí: (enllaç al document). Abans del (data: per determinar), els professors determinaran si el tema i el conjunt de dades promocionats són adequats per a l'examen.
A continuació, feu l'anàlisi pel vostre compte. Assegureu-vos que cada pas sigui reproduïble creant un fitxer de registre o un informe. Prepareu una presentació de 10 minuts amb diapositives que descriguin el conjunt de dades, l'anàlisi i els resultats. Envieu-nos el fitxer de registre o l'informe de l'anàlisi per correu electrònic abans del (data: per determinar).
Presenta el teu treball als professors i als companys el (data: per determinar) durant la sessió pràctica. Els professors i els companys poden fer preguntes sobre l'anàlisi que has presentat.
La nota final de les pràctiques es basa en el treball realitzat durant el semestre (50%) i la presentació.
Al final de cada classe es proporcionaran bibliografia, articles i llocs web recomanats.
Treballs individuals i en grup durant les pràctiques d'ordinador.
Transcripció de registres