I denna kurs kommer studenterna att lära sig grunderna i Linux-operativsystem, fjärråtkomst till servrar, grunderna i Bash-programmering samt programmering i allmänhet. Kursen är praktikorienterad med fokus på att utveckla grundläggande färdigheter i programmeringslogik, dataanalys via kommandoraden, effektivitet samt lämplig arbetsetik vid användning av delade servrar (hantering av serverresurser).
Genom ett projektarbete kommer studenterna att lära sig hur man fördelar arbetsbördan och optimerar resultatet i ett bioinformatik-/programmeringsprojekt.
I denna kurs kommer studenterna att lära sig hur Linux/UNIX-operativsystem fungerar, förstå fördelarna och nackdelarna med dessa system samt förvärva grundläggande färdigheter i programmering och utveckla grundläggande färdigheter i programmeringslogik.
Vid kursens slut kommer studenterna att kunna hantera Linux/UNIX-system med hjälp av kommandoradsverktyg, köra programvara i kommandoraden och lösa bioinformatikproblem från kommandoraden. Studenterna kommer också att veta hur man når fjärrservrar i ett nätverk, flyttar filer mellan datorer/servrar och utför kommandon på en fjärrserver som kör ett Linux/UNIX-operativsystem. Studenterna kommer att kunna hantera och analysera data direkt i Linux-systemet, uppskatta resursbehovet för beräkningsuppgifter och övervaka resursanvändningen för dessa uppgifter.
Studenterna kommer att lära sig att arbeta effektivt och att använda resurserna på stora servrar på ett ansvarsfullt sätt. Tonvikten kommer att ligga på lämplig arbetsetik: studenterna kommer att lära sig att övervaka sin resursanvändning på servern och hur man använder servrar med flera användare utan att störa andra användares arbete eller forskning.
Ämnen:
I. Grunderna i programmeringsspråket bash, grundläggande kommandon
II. Skriva bash-skript
III. Typer av bash-variabler och deras användning; inbyggda variabler
IV. Villkor i bash, logiska operatorer
V. Programmeringslogik I.
VI. Övning I.
VII. Bash-slingor och slingkontroll
VIII. Kommandoradsargument och deras användning i skript
IX. Programmeringslogik II.
X. Övning II.
XI. Övervakning av resursanvändning, resurshantering
XII. Bioinformatikers ansvarsfulla arbete på servrar
+Projektarbete som ska genomföras som självstudier i grupper.
Bedömning
Studenterna ska genomföra ett kollokvium under tentamensperioden. Kollokviumet består av två delar: ett teoretiskt prov och en praktisk uppgift. Det teoretiska provet kan innehålla både flervalsfrågor och öppna frågor. Den praktiska uppgiften består av programmeringsuppgifter som studenterna ska lösa på egen hand.
När kursen är avslutad kommer deltagaren att kunna utforma och implementera grundläggande analysflöden inom bioinformatik i en Linux-miljö samt övervaka användningen av egna serverresurser.
Kursen förutsätter att studenterna har en dator och att vissa program är installerade, vilket gör det möjligt för studenterna att logga in på den server som kommer att användas under kursen. Föreläsaren kommer att hjälpa till med installationen av dessa program.
Inga programmeringskunskaper krävs.
Kurslitteratur (obligatorisk eller rekommenderad): Kursmaterial (presentationsbilder, föreläsningsanteckningar)
Rekommenderad: Machtelt Garrels: Bash-guide för nybörjare (finns online på: https://tldp.org/LDP/Bash-Beginners-Guide/html/)
Föreläsning: 45 minuter
Övning: 45 minuter
Projektarbete: Studenterna ska genomföra ett projektarbete i grupper under kursens andra hälft. Detta innefattar analys av olika typer av genetiska data (exempel på projekt: skriva en Bash-kod som identifierar alla öppna läsramar i en given DNA-sekvens).
Rådgivning: Ytterligare rådgivningstider kommer att erbjudas om studenterna så önskar.
Studieutdrag