Ezen a kurzuson a hallgatók megismerkednek a Linux operációs rendszerek alapjaival, a távoli szerverhozzáféréssel, valamint a Bash programozás és általában a programozás alapjaival. A kurzus gyakorlati orientált, különös hangsúlyt fektetve az alapvető programozási logikai készségek fejlesztésére, a parancssori adatelemzésre, a hatékonyságra és a megosztott szervereken való megfelelő munkavégzési etikára (szervererőforrás-kezelés).
Egy projektmunka keretében a hallgatók megtanulják, hogyan oszthatják meg a munkaterhelést és hogyan optimalizálhatják az eredményeket egy bioinformatikai/programozási projektben.
Ezen a kurzuson a hallgatók megismerik a Linux/UNIX operációs rendszerek működését, megértik ezek előnyeit és hátrányait, valamint elsajátítják a programozás alapjait és fejlesztik az alapvető programozási logikai készségeiket.
A kurzus végén a hallgatók képesek lesznek a Linux/UNIX rendszerek parancssori eszközökkel történő kezelésére, szoftverek parancssorból történő futtatására, valamint bioinformatikai problémák parancssorból történő megoldására. A hallgatók megtanulják továbbá, hogyan érhetik el a hálózaton található távoli szervereket, hogyan mozgathatnak fájlokat számítógépek/szerverek között, és hogyan hajthatnak végre parancsokat egy Linux/UNIX operációs rendszert futtató távoli szerveren. A hallgatók képesek lesznek az adatokat közvetlenül a Linux-rendszeren keresztül kezelni és elemezni, a számítási feladatok erőforrásigényét becsülni, valamint nyomon követni az erőforrás-felhasználást.
A hallgatók megtanulják, hogyan kell hatékonyan dolgozni, és hogyan kell felelősségteljesen használni a nagy szerverek erőforrásait. Kiemelt figyelmet fordítunk a megfelelő munkakultúrára: a hallgatók megtanulják, hogyan kell nyomon követni a szerver erőforrás-felhasználását, és hogyan kell több felhasználóval rendelkező szervereket használni anélkül, hogy zavarnák a többi felhasználó munkáját vagy kutatását.
Témák:
I. A bash programozási nyelv alapjai, alapvető parancsok
II. Bash-szkriptek írása
III. A bash-változók típusai és használatuk; beépített változók
IV. Bash-feltételek, logikai operátorok
V. Programozási logika I.
VI. Gyakorlat I.
VII. Bash-ciklusok és a ciklusok vezérlése
VIII. Parancssori argumentumok és azok használata szkriptekben
IX. Programozási logika II.
X. Gyakorlat II.
XI. Erőforrás-használat figyelemmel kísérése, erőforrás-kezelés
XII. A bioinformatikusok felelősségteljes munkavégzése a szervereken
+Csoportos önálló tanulás keretében megvalósítandó projektmunka.
Értékelés
A hallgatók a vizsgaidőszakban kollokviumon vesznek részt. A kollokvium két részből áll: egy elméleti tesztből és egy gyakorlati feladatból. Az elméleti teszt tartalmazhat mind feleletválasztós, mind esszé típusú kérdéseket. A gyakorlati feladat programozási feladatokból áll, amelyeket a hallgatóknak önállóan kell megoldaniuk.
A tanfolyam végén a hallgató képes lesz alapvető bioinformatikai elemzési folyamatokat tervezni és megvalósítani Linux-környezetben, valamint nyomon követni saját szerverének erőforrás-felhasználását.
A kurzushoz a hallgatóknak számítógéppel kell rendelkezniük, és bizonyos programokat kell telepíteniük, amelyek lehetővé teszik számukra, hogy bejelentkezzenek a kurzus során használt szerverre. Az oktató segítséget nyújt ezeknek a programoknak a telepítésében.
Programozási ismeretek nem szükségesek.
A kurzushoz szükséges irodalom (kötelező vagy ajánlott): A kurzus anyagai (prezentációs diák, előadási jegyzetek)
Ajánlott: Machtelt Garrels: Bash-útmutató kezdőknek (online elérhető: https://tldp.org/LDP/Bash-Beginners-Guide/html/)
Előadás: 45 perc
Gyakorlat: 45 perc
Projektmunka: a hallgatóknak a kurzus második felében csoportokban kell megvalósítaniuk egy projektmunkát. Ennek keretében különböző típusú genetikai adatok elemzését kell elvégezniük (példa a projektre: írjanak egy Bash-kódot, amely azonosítja az összes nyitott leolvasási keretet egy megadott DNS-szekvencián).
Konzultáció: a hallgatók kérésére további konzultációs időpontok is rendelkezésre állnak.
Tanulmányi eredményekről szóló igazolás