Borrelia burgdorferi BmpD är ett substratbindande protein (SBP) som använder ett membranbundet ABC-transportörkomplex för att transportera molekyler in i bakteriens cytoplasma. Syftet med projektet är att studera bindningsinteraktionerna och dynamiken hos substratbindande proteiner och deras ABC-transportör. Studenten ska söka efter experimentella strukturer för SBP:er och ABC-transportörer och i detalj analysera de som liknar Borrelia-proteinerna, i syfte att identifiera aminosyror som är involverade i interaktionerna. Dessutom ska interaktionens dynamik studeras med hjälp av molekylära dynamiksimuleringar.
Bakgrund inom biovetenskap motsvarande nivån för en student på tredje året av en kandidat- eller masterutbildning, grundläggande kunskaper om proteinstrukturer samt grundläggande laboratoriefärdigheter.